김 내정자는 비리 전력이 있는 무기중개업체에서 2년간 고문으로 일하며 자문료 등으로 2억원을 받은 점이 최대 논란거리다. 이에 김 내정자는 무기중개업체에서는 합작설립에 대한 자문을 했을 뿐이라고 해명했다. 또 서울 노량진 아파트를 두 아들에게 부담부 증여한 뒤 아들들과 전세계약까지 맺어 증여세를 탈루한 것 아니냐는 의혹도 제기된 상황이다. 이어 두 아들에 연금과 보험, 예금을 변칙 증여했다는 의혹, 부인의 리튬전지 군납업체 주식 보유, 장남 근무 회사 2곳의 국방부 대형사업 수주, 차남 특혜 취업 논란 등이 있다.

한편 김 내정자가 의혹을 인정하고 사과한 사실도 있다. 위장 전입에 대해서는 신중하지 못했던 처사라며 잘못을 인정했고, 증여세 미납 의혹도 일부 인정하고 뒤늦게 세금을 납부했다. 이 외에도 지금까지 김 내정자와 관련돼 제기된 의혹은 20여가지에 달한다.