그러나 "검찰,국정원등 정부 권력기관의 불법,부당행위에 대해서는 왜? 권고사항이 없으며, 위원회의 조사에 불응 하고있는 당시 권력기관의 해당 당사자들에 대해서는 어떤 조치가 있느냐?"는 본지 시사포커스의 질문에 대해서 위원회의 이해동 위원장은" 위원회의 법적 시한이 곧 만료되어 마무리정리를 하고 있으며 이때 권고사항등을 종합적으로 검토할 것"이라고 말하고, 또, "과거사위의 조사권한과 기간의 한계로 추가적인 조사가 필요한 사안들은 국방부 과거사진상규명위원회보다 상위 기관인 진실화해위원회에서 다룰것"이라고 설명했다.

김양기는 과거사위와 면담에서 "구타 및 고문에 의해 김철주에 대해 (공작지도원이라는) 허위자백을 했으며 실제로 김철주를 만나본 적도 없고 누군지도 모른다"고 진술했고, 김철주도 위원회의 일본출장 면담에서 김양기를 전혀 모른다고 진술했다.

하지만 당시 수사관들은 위원회와의 면담에서구타 및 고문행위를 부인하면서 "공작지도원(김철주)과 만난 것을 입증할 만한 사진 등의 증거물은 없지만 물증을 제시할 수 없어도 간첩이라고 생각한다"고 진술했다.

위원회 조사결과 법원의 판결에서 재일 공작지도원 김철주의 신원을 입증할 수 있는 증거는 김양기의 자백과 김철주에 대한 영사증명서였다.

2년여에 걸쳐 내사가 진행된 사건인데도 수사 중에 갑자기 재일 공작지도원이 다른 사람으로 바뀌어 수사문서에 기재되었음이 확인되었는데, 이는 김양기의 유죄를 인정할 합리적 증거가 불충분한 데서 비롯된 일이라고 판단했다.

김양기는 위원회 면담에서 자신이 구타 및 고문에 의해 김철주에 대해 허위자백을 했으며, 실제로는 김철주를 만난 적도 없으며 누군지도 모른다고 진술했고, 또한 김철주도 위원회의 일본 출장 면담에서 김양기를 전혀 모른다고 진술했다.

영사증명서는 국가안전기획부에서 주일 한국대사관에 파견된 안기부 직원이 작성하여 보낸 문서로 재외공관공증법상 영사가 발행하는 공문서가 아니었음에도 재외공관의 영사가 발행하는 공문서 형식을 가장했다.

영사증명서는 안기부에서 주일 한국대사관에 파견된 직원이 작성하여 보낸 문서로 재외공관공증법상 영사가 발행하는 공문서가 아니었음이 확인되었다.

또한 김양기가 북한에 대해 고무.찬양했다는 사실을 들었다는 참고인 이모씨와 김모씨의 당시 진술은 그들이 불법구금 상태에서 수사관들에게 허위자백을 강요받아 자백한 내용인 것으로 추정된다고 설명했다.
위원회는 조사권한과 조사기간의 한계로 간첩조작여부에 대한 최종적인 판단은 내리지 않았다.

그러나 "간첩조작과 관련되어 제기된 여러 의혹사항들에 대해 보고서 본문에 당사자와 수사관 등의 진술을 나란히 병기함으로써 이 기록을 읽는 사람들이 이 시대 역사에 대해 돌이켜 보고 성찰할 수 있는 근거로 삼고자 한다"고 위원회의 한정숙교수는 밝혔다.

위원회에 따르면 보안사와 검찰은 이헌치를 포섭하여 재일공작지도원에게 인계한 대학선배 나까야마 도시오(中山俊雄)와 재일공작지도원 미야자기(宮崎)의 실체를 입증하지 못했다고 설명했다.

위원회는 일본 현지조사를 통하여 오사카 전기통신대학에 나까야마 도시오란 인물의 학적이 없음을 확인했고, 따라서 이를 통해 볼 때 재일공작지도원이라는 미야자기의 존재 자체가 의문이라고 밝혔다.
또 밀입북과 관련하여 이헌치의 지도 교수인 미즈노 교수는 1971.12월에 이헌치가 자신의 연구실에 있었다고 알리바이를 증언했고, 수사기록상 이헌치가 밀입북한 장소로 되어있는 구미하마 현장을 조사한 결과 구미하마 해변은 접선하거나 입북루트로 적절하지 못했으며, 밀입북과 관련하여 이헌치의 자백 이외의 밀입북 사실에 관한 거의 유일한 증거라고 볼 수 있는 보안사 직원의 진술 또한 그 신빙성이 의심되므로, 이상 진술과 자료 및 정황을 종합할 때 이헌치가 밀입북했다고 판단하기는 어렵다고 설명했다.

위원회는 또 이헌치의 체포, 수사의 단서가 된 지령문(연락문 혹은 서신 메모)에 대하여 관련자의 진술이 각기 다르고, 증거로 존안 되어 있지 않은 관계로 범죄사실에 적시된 ‘서신 메모’의 실재 여부를 확인할 수 없었으며, 전 보안사 수사관이 작성하여 위원회 제출한 형태의 ‘서신 메모’가 실재했다 하더라도 그 내용이 간첩 활동을 지시한 지령문으로 보기는 어렵다고 판단했다.

위원회는 이헌치 사건으로 보안사 수사관들은 1,400만원의 포상금과 훈.포장을 받은 것을 확인했다.
(1981년 당시 준위 20호봉이 295,000원, 서울대(인문.사회계열) 입학금이 374,900원인 점을 미루어 1,400만 원의 포상금은 수사관들의 연봉을 훨씬 웃도는 매우 큰 금액이다)

이헌치의 간첩혐의는 이헌치가 재일공작지도원 미야자기(宮崎, 45세)의 지시로 1972.12.10.~30.까지 20일간 밀입북 하여 밀봉교육을 받았으며, 미야자기의 지시로 산업계에 침투하여 국가기밀과 군사기밀을 탐지하고, 회사 동료등을 포섭하여 지하당을 조직하려 했다는 것이다.

그러나 위원회는 여러 자료와 정황을 종합한 결과 재일 공작지도원의 실체, 밀입북 관계, 지령문 또는 서신 메모, 간첩행위 등에 관한 이헌치의 진술서, 피의자 신문조서 등은 고문 등 강압 수사에 따른 것으로 의심되고, 이헌치와 관련자들의 진술이 수사기관에서 미리 준비된 내용대로 강요되었을 가능성을 배제할 수 없다고 판단하였다.

위원회는 또 이헌치의 자백 이외의 합리적인 증거로 인정할 수 있는 사실을 발견할 수 없었으며, 이헌치 사건의 증거물이 유죄로 인정될 합리적인 증거로 불충분하다고 판단했다고 위원회의 이찬진변호사는 설명했다.

위원회 조사 결과 김태홍은 나까무라가 형을 만나게 해준다고 하여 북한공작선 편으로 밀입북 하였으나 형을 만나지 못했다는 사실, 북한 노동당 연락부 부부장(성명 미상)에게 공작지령 및 공작금을 수수한 사실을 확인했다.

또한 김태홍이 북한 노동당에 가입했다거나 학생 데모를 선동했다는 것은 사실이 아닌 것을 보안사가 언론에 과장 공표한 것이며, 검사의 공소 내용에서도 제외 되었다는 것도 확인했다.
김태홍은 주변 상황과 심경 변화 등으로 적극적인 간첩활동을 하지는 못했다고 위원회(이찬진변호사)는 설명했다.

김정사는 77. 4.21. 신림동 소재 하숙집에서 영장 없이 불법 연행되어 같은 해 5.12. 구속되기까지 20일 이상 불법 감금되었던 것으로 파악되었다. 그러나 보안사의 송치기록에는 5. 6. 연행한 것으로 수사서류가 조작되었다.

김정사는 공판과정과 위원회조사에서 전기고문, 물고문, 구타 등을 당하였으며 고문에 못 이겨 조서 말미에 무인을 찍었다고 진술했다.
그리고 유성삼도 위원회 조사에서 구타 및 전기고문, 물고문 등을 당했다고 진술했다는 것이다.

김정사는 1심공판 이래 위원회의 조사에 이르기까지 일관되게 고문, 구타 등의 사실을 구체적으로 진술하고 있으나 관련 수사관들은 부인하고 있어 구타나 고문에 대한 진위여부를 직접 확인하기는 어려웠다.

그러나 김정사가 재판정과 항소이유서에서뿐만 아니라 위원회 조사에서도 일관되게 고문당한 사실을 진술한 점, 고막파열을 치료하기 위해 교도소에서 연고제를 사용했다고 구체적으로 주장한 점, 신분장의 반입물품목록에도 연고제를 확인할 수 있었던 점을 종합한 결과, 구타 등 고문을 당했다는 김정사의 주장은 신빙성이 높다고 판단된다고 위원회는 설명했다.

위원회에 따르면 보안사는 수사권한이 없는 민간인에 대한 수사를 했으며, 각종서류를 중앙정보부 수사관이 작성한 것으로 조작했다.

또 위원회 조사에서 김정사는 검사의 폭행과 협박에 대해 진술했으나 담당 검사는 위원회 면담에서 이를 부인했다.

당시 검찰서기에 대한 면담이 이루어지 지지 못했고, 주무 수사관으로 파악된 보안사 박수사관도 이미 사망하여 검사에 의한 폭행 및 협박의 진위는 확인할 수 없었다.

검찰은 수사권한 없는 보안사의 민간인 수사와 중정 수사관 명의의 수사서류 작성 등의 위법 사실을 파악하고도 묵인.방조했고 이는 국민의 인권을 보호할 공익의 대표기관으로서의 책무를 저버린 처사로 판단된다고 위원회는 설명했다.

위원회 조사에서 보안사 수사관 고모씨는 김정사의 혐의는 고무.찬양 정도였고 그 정도 선에서 수사가 이루어졌다고 진술했고, 보안사 수사계장은 한민통 얘기는 나온 것 같으나 별로 기억이 없고 한국청년동맹(이하 한청)을 중심으로 수사를 한 것이 틀림없다고 진술하였다.

송치의견서에서는 임계성이 한청 동경본부 부위원장이며 조총련 재일공작지도원이었으나 공소장에서는 임계성이 반국가단체인 한민통 간부 겸 대남 공작지도원으로 바뀌었다.

한편, 위원회 조사에서 임계성이 1998년 7-8월경 이 사건 이후 처음으로 한국에 나왔을 때 안기부 조사관들에게 김정사 사건 및 한청과 관련하여 안기부의 ‘안가’에서 조사받고 나온 적이 있었지만 별 문제 없이 일본으로 돌아갔다가 1999년에도 한국을 다시 방문했던 점에 비추어볼 때 김정사 사건의 대남공작원이었다는 사실에 의구심이 들게 하였다.

그러나, 박모씨, 김모씨에게 행한 조총련 관련 김정사의 발언과 북한방송 청취, 녹음 사실은 법률상 고무.찬양행위로 볼 수 있다.

(불법유인물 소지는 당시의 긴급조치 위반에 해당되지만, 김정사에 대한 민주화운동 관련자 ‘인정이유’에서 볼 수 있듯이 민주화운동 문건을 적극적으로 습득.보관.탐독하고 여러 사람에게 교부한 것은 권위주의에 저항하는 민주화운동으로 재평가 되고 있다)

또한, 한민통의 반국가단체 여부는 자수간첩 윤효동의 진술과 주일 한국대사관에 파견된 중정수사관의 영사증명, 그리고 울릉도 간첩단사건, 문세광 사건의 공판자료와 판결문 등이 검찰 조사 시 중요증거로 파악되었다.

한민통의 반국가단체성에 대해 결정적인 진술을 했던 윤효동은 공판정에서 임계성을 모른다고 했고, 수사과정에서 한민통의 강령 및 규약조차 증거로 제출 된 바 없으며 윤효동의 진술 외에는 조직의 실체에 대한 직접적인 규명이 없었다.

그리고 한민통의 반국가단체 여부에 대해 김정사나 변호인은 문제를 제기하지 않았고, 법원도 판결문에서 한민통을 반국가단체로 규정한 이유를 제시하지 않았다.

검찰 송치 이틀 전에 있었던 윤효동의 기자회견으로 사건의 성격이 재일교포 유학생 간첩사건에서 한민통관련 사건으로 비화된 배경을 규명하고, 한민통의 반국가단체성 여부를 가리기 위해서는 중정과 검찰에 대한 조사가 필수적인데 위원회는 권한상의 한계로 인해 더 이상 조사를 진전시킬 수 없었다고 위원회의 이재승교수는 설명했다.

위원회에 따르면 임계성이 한민통 간부 겸 대남 공작지도원이라는 증거는 김정사의 자백과 영사증명서였다.

그러나 위원회 조사결과 김정사가 불법구금 상태에서 고문 등에 의해 임계성의 신원에 대해 허위자백을 했다는 주장이 신빙성이 높고, 영사증명서는 중앙정보부에서 주일 한국대사관에 파견된 직원이 작성하여 보낸 문서로 재외공관공증법상 영사가 발행하는 공문서가 아니었음이 확인되었다. 다만 그 외 범죄사실 중 북한방송 청취 등 고무.찬양 행위와 불온유인물 소지 혐의는 사실로 확인되었다고 발혔다.