황 내정자는 김병관 국방장관 내정자와 더불어 청문회의 핵심 논란거리다. 황 내정자는 부양가족 이중소득공제로 인한 소득세법 위반 사실에 이를 인정했으나 아직 병역회피·논문특혜·부동산 투기 의혹에 장남 증여세 탈루 의혹이 남아 있다. 또한 공직 퇴임 후 변호사로 활동하며 17개월 동안 16억여원의 보수를 받은데 따른 전관예우 논란, 검사 시절 동창인 노회찬 전 의원에 대한 후원금 기부, 기독교 편향 논란도 뜨겁게 달궈진 상태다.

특히 황 내정자의 병역회피 논란에 민주당은 ‘두드러기 장관’이라는 별명까지 붙였다. 황 내정자는 1981년 사법시험에 합격 1년 전인 1980년 두드러기 질환인 ‘만성 담마진(가려움을 수반한 부동)’이라는 피부질환으로 제2 국민역(5급) 판정을 받아 병역이 면제됐다. 당시 황 내정자는 피부질환 치료를 위해 6개월 이상 병원 진료를 받았던 것으로 알려졌다.

또한 서울중앙지검 2차장에 있을 때 ‘이른바 삼성 엑스(X)파일 사건’ 특별수사팀을 지휘하면서 도청 자료를 폭로한 기자와 국회의원은 기소한데 반해 삼성 쪽 인사는 모두 불기소 처분을 해 논란을 만들기도 했다. 이 사건에서 옛 국가안전기획부의 도청 녹취록을 인용해 이른바 ‘떡값 검사’의 실명을 공개한 혐의(통신비밀보호법 위반)로 기소된 진보정의당 노회찬 의원(공동대표)은 이날 대법원에서 징역 4개월에 집행유예 1년, 자격정지 1년을 선고한 원심을 확정 받아 의원직을 상실했다.